Rektor
Je štatutárnym orgánom EU v Bratislave, riadi ju, koná v jej mene a zastupuje ju navonok. Riadi ďalšie útvary ako Centrum komunikácie a vzťahov s verejnosťou, Oddelenie pre personálne a sociálne otázky a mnoho ďalších. Rektora zastupujú prorektori v rôznych oblastiach. Širším poradným orgánom rektora je kolégium rektora, jeho členmi sú všetci členovia vedenia univerzity a dekani.
Kvestor
Zabezpečuje a zodpovedá za hospodársky a administratívny chod verejnej vysokej školy.
Akademický senát EU v Bratislave
Je tvorený volenými zástupcami akademickej obce. Má najmenej 15 členov, z toho najmenej jednu tretinu tvoria študenti. Schvaľuje návrh rozpočtu verejnej vysokej školy, členov správnej rady, schvaľuje dlhodobý zámer verejnej vysokej, podmienky prijatia na štúdium. Volí a navrhuje odvolanie rektora.
Vedecká rada
Členmi vedeckej rady verejnej vysokej školy sú významní odborníci z oblastí, v ktorých verejná vysoká škola uskutočňuje vzdelávaciu, výskumnú, vývojovú, umeleckú alebo ďalšiu tvorivú činnost.
Správna rada EU v Bratislave
Je orgán, ktorý uplatňuje a presadzuje verejný záujem v činnosti EU v Bratislave, najmä v súvislosti s využívaním jej majetku a finančných prostriedkov poskytnutých EU v Bratislave štátom.
Disciplinárna komisia
Prerokúva disciplinárne priestupky študentov.
Etická komisia
Je stálym poradným orgánom rektora. Táto komisia rokuje o porušeniach Etického kódexu EUBA.
Akademický senát
Akademický senát EU v Bratislave tvoria volení zástupcovia akademickej obce. Z celkového počtu členov AS EU v Bratislave tvoria študenti najmenej jednu tretinu. Každá fakulta má v AS EU v Bratislave rovnaký počet zástupcov. Celouniverzitné pracoviská EU v Bratislave majú v AS EU v Bratislave po jednom členovi.
Aktuálnymi členmi a členkami ŠČ AS EU sú:
- BABINSKÁ Dominika, Bc. (OF)
- GAHEROVÁ Alexandra (NHF)
- GLADIČOVÁ Aneta, Bc. (PHF)
- GREGOROVIČOVÁ Michaela (FMV)
- JAKUBOVIČOVÁ Viktória, Bc. (FPM)
- KRASNIČI Dávid, Bc. (PHF)
- MAZÁN Tomáš, Bc. (NHF)
- KALÁSZ Andrej, Bc. (FAJ)
- NICHTA Jakub (OF)
- REŽNÁ Alžbeta, Bc. (FHI)
- RUŽBARSKÁ Viktória (FAJ)
- ŠUJANSKÁ Gabriela, Bc. (FMV)
- ZÁBORSKÝ Peter (FHI)
